到天启五年即天命十年（1625），孙承宗与袁崇焕议，遣将率卒分据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河，缮城郭，驻军队，进图恢复大计。但是，孙承宗罢去，阉党分子兵部尚书高第代为经略，辽东形势急剧逆转。
明朝统治集团内部的党争，直接牵系着辽东的军事形势。魏忠贤自擅权之后，贬斥东林，控制阁部，提督东厂，广布特务，恣意拷掠，刀锯忠良，祸及封疆，败坏辽事。客魏擅权，内结宫闱以自固，外纳朝臣以淫威。他们恐妃嫔申白其罪孽，矫旨赐泰昌帝选侍赵氏自尽，浸假幽裕妃张氏别宫，设计堕皇后张氏胎，又杀冯嫔，禁成妃，将天启帝妃嫔女侍尽为控制，以擅权柄，戕害东林。他们为使“内外大权，一归忠贤”（《明史·魏忠贤传》第305卷），安插率先附己的顾秉谦和张广微等入阁，又将东林党的阁臣、六部尚书和卿贰以及秉宪、科道次第罢黜。天启四年即天命九年（1624）六月，正当孙承宗、袁崇焕营筑宁远、日复辽土的时候，左副都御史杨涟劾魏忠贤罪疏奏上。阉党凶焰更嚣，中官聚围首辅叶向高府第。后逐吏部尚书赵南星等。东林党首辅叶向高、次辅韩爌（kuàng）等先后罢去，阉党顾秉谦、张广微柄政。魏忠贤夺取内外大权。
魏忠贤专权后，因孙承宗功高望重，欲使其附己，令刘应坤等申明意图，孙承宗刚直不阿，魏忠贤由此衔恨。孙承宗嫉恶如仇。杨涟疏劾魏忠贤二十四大罪，孙承宗诗赞其“大心杨副宪，抗志万言书”（孙承宗：《高阳集》第3卷）。御史李应昇奏疏抨弹阉竖，魏忠贤恚其与孙承宗同党。十一月，魏忠贤尽逐左副都御史杨涟、吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、佥都御史左光斗等，孙承宗正西巡蓟、昌，想抗疏阉党，请以“贺圣寿”入朝，面奏机宜，疏论魏忠贤罪端。张广微得报，奔告魏忠贤：“枢辅拥关兵数万清君侧，兵部侍郎李邦华为内应，公等为齑（jī）粉矣！”（《孙文正公年谱》第3卷）魏忠贤惶惧，绕御床哭。天启帝为之心动，命内阁拟旨。次辅顾秉谦奋笔曰：“无旨离信地，非祖宗法，违者不宥。”（夏燮：《明通鉴》第79卷）午夜，开大明门，召兵部尚书入，命以三道飞骑阻止孙承宗入觐。又矫旨命守九门宦官：“承宗若至齐化门，反接以入！”（《明史·孙承宗传》第250卷）孙承宗抵通州后，闻命而返。孙承宗在《高阳集》中记载请入觐不果时言：“要人欲并杀予，曰杨、左辈将以某清君侧。”（孙承宗：《高阳集》第3卷）
孙承宗返回之后，天启五年即天命十年（1625）五月，高第为兵部尚书，阉党控制枢部。七月，魏忠贤诬杀杨涟、左光斗等于狱。时东林“累累相接，骈首就诛”（《东林纪事本末论》）。正值魏忠贤要借机削夺孙承宗兵权时，八月发生马世龙柳河之败。
明山海总兵马世龙误信降人刘伯漒言，派鲁之甲、李承先率小股之师，自娘娘宫渡河，夜袭耀州，败于柳河，死士四百人，弃甲六百余副（《满文老档·太祖》第65卷）。这本不是一件兵戎大事，偷袭失利，兵家常事。但是，柳河兵败报闻，朝议沸腾。谄附阉党的台省官员章疏数十上，抨劾马世龙，并及孙承宗。十月，孙承宗罢去，以兵部尚书高第代为经略。
后金汗努尔哈赤知明经略易人，便准备亲率大军，西渡辽河，进攻宁远。