袁世凯之所以能署理山东巡抚一职，表象上是因为清廷迫于洋人的压力而采取了相应的措施，其实这是荣禄更为深远的人事安排。
虽说戊戌年袁世凯擅自提兵入京的事，被荣禄以野外军训的名目遮掩得不露痕迹，但袁世凯这头雄狮卧在京城旁，终是教他忧心不安。
尤其是慈禧太后立傅儁为大阿哥，准备废黜光绪的消息传开来，在袁世凯的询问下，虽说他也给袁世凯发文说了太后绝不会有废立的事儿，但他还是不放心，深恐袁世凯再次犯浑，提兵勤王，便奏请慈禧太后，建议把在山东进行军事演习的袁世凯和武卫右军留下来镇守。
理由是山东情况令人堪忧，外有洋人耀武扬威，蠢蠢欲动，内有拳匪为祸，气焰嚣张，值此内忧外患之时，须派一员得力的大将坐镇在那里。
袁世凯在朝鲜十余年，既有军事手段，又有外交之才能，且新建陆军，威名远播，若其督抚山东，洋人必不会轻易寻衅事端，拳匪也不敢胡作非为。
慈禧太后并不惧惮义和团犯上作乱，想当年太平军、捻军是何等气势汹汹?结果都被她一一地剿灭了，这些草寇之徒，掀不起什么风浪，她真正感到威胁的是那些蓝眼睛卷红毛的番鬼佬，仗着坚船利炮，横冲直撞，肆意欺凌。在他们的蹂躏下，天朝的颜面已经荡然无存。
“袁世凯是一员虎将，有新建陆军镇守山东，洋人断然不敢觊觎。"光绪在旁也帮腔地道。
戊戌变法受到挫败，他已在自省与反思中成熟了许多，分析问题也比较透切。
事实上，这个时候的光绪，并不像后来一些史书上说如何怨恨袁世凯，欲杀之为快。假如是这样，即使他杀不了袁世凯，也会暗使绊子，不会让袁世凯青云直上的。
恰恰相反，袁世凯为他守住了密诏的事，等同守住了他的皇位，怀着感恩心理，庚子国变后，慈禧太后再次支持他变法时，他干脆把被八国联军打垮的残散部队，划归袁世凯节制，这使袁世凯的实力得到扩大，爬上了直隶总督的位子。
“袁世凯练兵几年，是驴是马?也该拉出来遛遛了，既然你们都有此议，就让他去吧。"慈禧太后见光绪表了态，也乐意顺水做个人情，便同意了荣禄的保荐。
这时候的袁世凯，已是工部右侍郎兼练兵大员，实授二品官衔，调去山东署理巡抚，从二品，又调出京津之地，明显是一种体面的贬谪。
不过，这一去山东，也许是天意使然，教他躲避了一场战祸，保存了实力。
袁世凯的政敌们抓不到袁世凯的辫子，便把怒气撒在其兄袁世敦的头上，森罗殿围剿义和团失利，袁世敦枪杀平民一事遭到弹劾，山东巡抚毓贤看在袁世凯的面子上，意欲开脱，但袁世凯的政敌们岂肯罢休?指责袁世敦恃仗其弟权势，滥杀无辜，应严惩不迨。
军机处下文也是硬梆梆的，斥毓贤道：“营官袁世敦，行为孟浪，纵勇扰民，著蒋、袁一并革职。该抚谨请将袁世敦发交袁世凯军营历练，显系意存袒护，岂封疆大吏所宜出于此?毓贤著传旨申斥。”
毓贤受此一吓，不敢再申辩，只好革了袁世敦的职。
这个酷吏又是清官的封疆大臣，做事倒是不拖泥带水，临走前，杀害了拘押在牢的朱红灯和心诚和尚等义和团首领。
回京后，毓贤向端王载漪、庄王
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