载勋、大学士刚毅等王公大臣力荐拳民可用，并获准面见慈禧太后，1900年被重新起用为山西巡抚。
走马上任后，毓贤排斥洋人的思想尤为激烈，一方面唆使义和团焚烧教堂及屠杀教民，一方面对传教士称兵力不足，未能在各县对其保护，骗教士集中到省城太原一室之内。
于1900年7月9日，在巡抚衙门西辕门前，毓贤将这46人尽数杀害，妇孺皆不免。
在这次屠杀中，有12名天主教方济各会的意大利籍主教、修士和修女，34名英国浸信会传教士，包括11名儿童。
后来他又亲手杀死天主教山西北境教区正主教艾士杰。
据统计:山西全省共杀传教士191人、中国教民及其家属子女1万多人，焚毁教堂、医院225所，烧拆房屋两万余间，是各省中死人最多的一个省。
庚子国变后，山西省为此付出的抚恤金和丧葬费等赔款计四百余万两白银，另外，清廷还停止山西人士参加科举考试的资格若干年，以示惩罚。
更倒霉的是和议时，洋人第一件事就是追究庚子事变的“罪魁祸首”，毓贤名列其中，先被褫夺公职，遣戍新疆，不久，论罪处死。
执行行刑的是湖北黄安人廷箫，在甘肃兰州，追上了毓贤，出于同情之心，想给毓贤一个全尸，要他饮毒自尽。毓贤倒是一个汉子，服药几天不死，就让他的仆人给他一刀，将脖子砍断，死了一个痛快。
毓贤的一生，正如刘鹗在《老残游记》里所说:“清官若自以为是，危害比贪官严重。”
1899年底，袁世凯入主山东，针对山东情况的复杂性和特殊性，召开了首次军事会议，参加者有营务处徐世昌、唐绍仪、阮忠枢等人，步军有左翼长姜桂题及分统带冯国璋、营官段芝贵、曹锟、王怀庆、卢永祥等人;马军统带任永清、营官孟恩远、炮军统带段祺瑞、队官商德全、田中玉、张怀芝;工程兵统带王士珍;辎事队张勋;侦探局赵秉钧。
还有驻扎在山东的地方军队夏辛酉以及地方各级长官。
会议讨论了三天，制订了维稳与应变之方略:
一，扼要分扎，兵威震慑。鉴于拳会数量众多，分布面广，而军队兵力有限，审量地势，于要冲之处扼要分扎，将各地义和团分割隔离，外可杜窥伺之谋，内可绝流动之乱。小股部队日夜巡查、盘问、晓谕，则足令有心啸聚者难以开展活动，遽失活动空间，更使一般民众难萌相互串联聚众起事之心。
二，晓谕劝导，宥过斥散。通过一系列宣传活动，于各府州县村庄通行张贴，以期家喻户晓。谆谆苦口，劝导凡入拳教者，须痛改前非，即地解散团体，
未入拳教者，勿复附从。拳首及曾犯焚抢重案者，仍应通缉，其余案犯或参予者，若能悔过自新，一概从宽，免以追究。
三，正本清源，奖惩并举。义和团遍布于乡村，依托于民众，兵至即藏，兵去复聚，单靠有限的兵力四处查禁、抓捕是不能解决问题的。必须采用行政手段调动各级地方官、兵勇、乡绅、团练的力量来实行查
禁，辅以严格的奖惩措施，责成首事庄长，剀切劝导庄民，不得设厂习拳，聚众滋事。违者严惩。
在广泛动员的同时，辅之以严格的奖惩制度，颁布了《缉匪功过章程》，对于在镇压义和团中出力的有功人员给予重奖，记功、赏功
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