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第二年，蔡元培又和同仁一道筹办中国教育会、创办爱国女校并担任会长和校长之职。之后的日子里，蔡元培并没有太多的精力放在教育领域，当时革命风潮四起，蔡元培也脱下儒衣，摇身一变而成为老牌革命党。政治型教育家的称谓大概来源于此。
1912年，蔡元培出任国民政府第一任教育总长，这是个官，不过蔡元培不单是个教育官，更是教育家。在近五千字的《对于新教育之意见》中，蔡元培比较完整地体现了他当时的教育思想。蔡元培的高明之处在于，能够从现实着手却从长远之处着眼。正因为如此，才有了1917年出掌北大之后大刀阔斧的改革。
1917年蔡元培执掌北大，一时之间红楼上下欢腾，校园中人奔走相告“冉逢先生蔡”。
这其中其实并不包含多少对现代大学的期盼，在学生的想当然中，有蔡元培这样一位充满个人魅力又资望深厚的人物来担纲北大，日后毕业想必不难寻觅饭碗。
1917年1月4日，49岁的蔡元培乘坐马车缓缓驶进北京大学的校门。在接下来的一场极富震撼力的演讲中，他为现代中国的大学精神定下的却是一个恒久的调子：“大学是研究高深学问的地方，学生进入大学不应仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格之机关。应当以研究学问为天责，不当以大学为升官发财之阶梯。必须抱定为求学而来之正大宗旨，才能步人正轨。”
对学生们说了如此这番，又对教授们说了如此那番：“当有学问研究之兴趣，尤当养成学问家之人格。”说完这番，这个资深的革命党要员开始和政府谈条件：“教育事业应当完全交给教育家，保有独立的资格。”
至此，一所成熟的具有现代意义的大学已经呼之欲出。之后的岁月里，蔡元培成了北大“永远的校长”，“兼容并包，学术自由”的理念深人人心，并被后来者奉为圭臬。
与晏阳初、蔡元培同时代的教育界人士，当推一个叫张伯苓的名字，足他把南开中学推向了一个至高的高度。如果讨论科举之后民国时期的中学教育，南开中学是有代表性的。
说南开，还得从戊戌变法说起。戊戌变法风潮一起，使实业家严修深受启发，认识到了创办新教育和培养人才的重要性。1898年，严修回到天津老家，在严宅设家馆，聘用当时的新派人物张伯苓执教，让英语、算学和理化知识，这些新学堂而皇之地登上传统私学的讲台，这就是南开中学的肇始与胚胎。1904年，在天津主持“新政”的直隶总督兼北洋大臣袁世凯委严修以直隶学校司督办一职，授其筹备新式教育。同年8月，严修、张伯苓东渡日本考察教育，回国后正式成立中学，称为“私立中学堂”，当年招收的学生中，就有日后成为清华大学校史上最著名的校长梅贻琦。
1907年，学校迁到天津城西南的“南开洼”，始称南开中学。
张伯苓是个教育救国的伟大实践者，从一开始，张伯苓就给南开制定了“允公允能日新月异”的校训。他说：“惟其允公，才能高瞻远瞩，正己求人。”张伯苓常说，学生“不单是要从书本上得到学问，并且还要有课外活动，从这里得来的知识学问，比书本上好得多”。在他的倡导下，南开中学的社团如雨后春笋，如敬业乐群会，美术研究会，摄影研究会，文学会，京剧社，新剧团，校风出版社，武术社等。
对于科举的好处与坏处，学者们都可以找出成千上万条理由，或歌功颂德或无情鞭挞，但要真正看到哪一种最有利于国家和民族的兴旺发达。晏阳初、蔡元培、张伯苓等教育先驱，无疑提供了优质的答案，可惜后来的历史表明，中国的教育发展轨迹，并没有按照这样的道路前行，而是迂回曲折走了不少弯路，从某种程度上讲，我们越来越偏离了教育的初衷。