明代后期，蒙古已逐渐形成三大部：生活在蒙古草原西部直至准噶尔盆地一带的漠西厄鲁特蒙古，生活在贝加尔湖以南、河套以北的漠北喀尔喀蒙古，生活在蒙古草原东部、大漠以南的漠南蒙古。漠南蒙古东西诸部，介于明朝与后金之间，其中有的部同后金接壤，因此后金最早同东部漠南蒙古诸部发生政治联系。
后金兴起，努尔哈赤之所以决意征抚漠南蒙古，这是因为：首先，漠南蒙古同海西女真关系密切，如叶赫贝勒“金台什孙女为虎墩兔妇”（《明史·鞑靼传》第327卷），蒙古内喀尔喀介赛贝勒夺娶努尔哈赤“已聘叶赫锦泰希贝勒之女”（《满文老档·太祖》第13卷），征抚漠南蒙古有助于女真内部的统一。其次，漠南蒙古位于后金的右翼，只有征抚漠南蒙古，才能解除进入辽沈地区的后顾之忧。再次，漠南蒙古的林丹汗等，与明朝缔结了共同抵御后金的盟约：“愿助兵灭奴，并力恢复天朝疆土。若奴兵到，憨兵不到，断革旧赏；倘奴酋通路，背盟阴合，罹显罚。”（王在晋：《三朝辽事实录》第7卷）只有拆散这个联盟，才能南犯明朝。再其次，征服漠南蒙古，可以打通进入长城的走廊。最后的一个原因是，后金为夺取明统，深感兵力不足，需要征抚蒙古，扩充八旗兵源。努尔哈赤曾说：“蒙古与满洲，语言虽各异，而衣饰风习，无不相同，兄弟之国。”（《满文老档·太祖》第13卷）魏源所说“夫草昧之初，以一城一旅敌中原，必先树羽翼于同部。故得朝鲜人十，不若得蒙古人一”（魏源：《圣武记》第1卷），即是此理。
漠南蒙古自明初以来，已经遭受二百余年兵燹（xiǎn）之难。明朝政府与故元势力之间，蒙古各部之间，长期无休止的战争，导致了漠南蒙古社会经济的破坏和部民生活的贫困，使许多贫苦牧民陷于“爨（cuàn）无炊”、“衣无帛”的悲惨境遇。蒙古族部民要求结束战乱割据局面，渴望得到安定统一。但是，明朝后期极为腐败，无力重新统一蒙古地区；蒙古各部贵族长期内讧，也无法实现其内部统一。因此，努尔哈赤征抚漠南蒙古，既利用了蒙古人民渴求统一的愿望，又利用了蒙古贵族不满明朝的心态，也利用了蒙古王公分裂割据的条件。时蒙古封建王公在进行分裂争斗，从一己利益出发，忽而联合一些封建王公去反对另一些封建主；忽而翻云覆雨，昨天的盟友变成了今天的敌人，昨天的敌人又变成了今天的盟友。努尔哈赤利用漠南蒙古同明廷的结盟与矛盾、各部之间的分裂与内讧，对于各部封建王公，有的分化瓦解，有的武力征讨，或者征抚并用，先后逐一征服东部漠南蒙古。
努尔哈赤征服漠南蒙古，先从其科尔沁部开始。
漠南蒙古的科尔沁部，驻牧于嫩江流域。它东邻乌拉，东南近叶赫，西南界扎鲁特，南接内喀尔喀，北临嫩江上游地区。科尔沁部为同察哈尔部争雄，就与势力较强的叶赫、乌拉结盟。万历二十一年（1593），科尔沁部明安贝勒等率蒙古兵万骑，同叶赫、哈达、乌拉、辉发、锡伯、卦尔察、朱舍里、讷殷共九部之师，直指建州。攻黑济格城不下，陈兵古勒山。九部兵大败，明安贝勒骑裸马尴尬地逃回。翌年，“北科尔沁部蒙古贝勒明安、喀尔喀五部贝勒老萨，始遣使通好”（《清太祖高皇帝实录》
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