蒙古科尔沁部归附后金最早，博尔济吉特氏与爱新觉罗氏世为懿亲。清太祖、太宗、世祖和圣祖先后有四后、十三妃出自科尔沁等部。博尔济吉特氏影响了清初五朝四帝的政治。
明兴元亡之后，元主自北平出塞，遁回蒙古草原。但故元势力仍有“引弓之士，不下百万众”（《明史纪事本末》第10卷）。元主退回漠北地区，习称北元。北元蒙古贵族仍维持其旧日统治，实行封建割据。他们不甘心于自己的失败，不时地犯扰内地，企望重新入居中原，图谋恢复元朝。明朝为解除蒙古在北方的威胁，曾多次出兵朔漠，力图消灭北元势力。明初，徐达四次北伐，朱棣七次亲征，曾取开平，占应昌，败王保保，降纳哈出。明朝击败北元势力，他们逐渐地分别与明朝建立了臣属关系。
但是，北元势力虽被击败，而未被消灭。这同明太祖对故元势力的政策不无关系。当明太祖派右丞相徐达攻元大都时，徐达问道：“元都克，而其主北走，将究追之乎？”明太祖答曰：
元起朔方，世祖始有中夏。乘气运之盛，理自当兴。彼气运既去，理固当衰。其成其败，俱系于天。若纵其北归，天命厌绝，彼自澌（sī）尽，不必穷兵追之。但其出塞之后，即固守疆圉（yǔ），防其侵扰耳。（《明太祖实录》第32卷）
但是，蒙古贵族势力并未因其气运衰败，而自澌自尽。蒙古贵族势力在不断地骚扰北陲，破墙而入，内犯中原，困围京师。尤以正统之后，明代北患益甚。
《明史·鞑靼传》载：
当洪、永、宣世，国家全盛，颇受戎索，然衅服亦靡常。正统后，边备废弛，声灵不振。诸部长多以雄杰之姿，恃其暴强，迭出与中夏抗。边境之祸，遂与明相终始云。（《明史·鞑靼传》第327卷）
严格说来，明中后期，蒙古衰微，满洲崛兴，故北境之扰，重在满洲，不在蒙古。但明朝前期，蒙古骑犯，甚为严重。
辽东地区蒙古势力，为患酷烈。洪武时，故元丞相纳哈出“拥二十万众据金山，数窥伺辽”（《明史·鞑靼传》第327卷），后被蓝玉招降。永乐时，阿鲁台为瓦剌所败，“乃率其属东走兀良哈，驻牧辽塞”（《明史·鞑靼传》第327卷）；朱棣以亲征阿鲁台，死于榆木川。成化时，蒙古鞑靼部长孛来，“诱兀良哈九万骑入辽河”（《明史·鞑靼传》第327卷），纵骑掳掠。至嘉、隆以后，即努尔哈赤青少年时期，辽东蒙古势力枝蘖（niè）纷繁，先后陵替，相互交错，举其大者，主要有：土蛮部，土蛮为打来孙长子，其弟为委正，其长子为卜言台周，次子为介赛，侄为黄台吉，族弟为土墨台猪等。时土蛮（称小王子）最强，“控弦十余万”，屡躏辽东，“大入小入，岁为边患”（瞿九思：《万历武功录》第10卷）。速把亥部，速把亥为虎喇哈赤次子，其季弟为炒花，其妹夫为花大。速把亥在嘉靖时徙至辽阳北，连结土蛮等，累略辽塞：“嘉、隆以来，虏患何岁亡之？甚至杀大将军如艾草菅。甚哉！速把亥之为祸首也。”（瞿九思：《万历武功录·速把亥列传》第12卷）黑石炭部，黑石炭为孛只第五子，与速把亥等联骑，剽掠辽左。瞿九思在《万历武功录·黑石炭列传》后评论曰：黑石炭“贻我辽左数十年大患，介胄至生虮虱”。董狐狸部，董狐狸即
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