其侄女受辱，如他多次受叶赫凌辱，未见兴师问罪；其主要的原因是，在建州的政治棋盘上，下一步要吃掉的棋子就是乌拉。
万历四十一年（1613）正月，建州利用乌拉奴隶主贵族众叛亲离、乌拉城孤立无援和部民“无不乐附于老酋”的形势（《李朝宣祖实录》第209卷），再次征讨乌拉。建州出兵的借口有四：（一）布占泰屡背盟约；（二）幽禁努尔哈赤与舒尔哈齐之女；（三）强娶努尔哈赤所聘叶赫贝勒布斋之女；（四）送人质于叶赫。努尔哈赤带领次子代善、侄阿敏，大将费英东、额亦都、安费扬古、何和里、扈尔汉及将士三万人，张黄盖、吹喇叭，奏琐呐、打锣鼓，向乌拉进军。
建州军进攻乌拉，连克乌拉河东孙孔泰、郭多、俄漠三城。布占泰亲率三万兵马，越伏尔哈城，列阵以待。在此紧要关头，领兵诸将欲奋勇抵敌，努尔哈赤却以“岂有伐大国，能遽使之无孑遗”（《清太祖武皇帝实录》第2卷），并重申“砍伐大树”之前谕。努尔哈赤高估了敌方实力，而低估了己方力量。在两军相峙，攻而不欲，退而不忍，徘徊犹豫之际，代善冒着违背父汗之命的罪名，率领诸将强谏道：
初所虑者，如何诱布占泰兵出城。今其兵已至郊野，反不出击斩杀。若知如此，何必喂饱马匹，整备盔甲、鞍辔、弓箭、刀枪，即自家中前来。今日不战，俟布占泰得娶叶赫之女再征讨之，将何为耶？其辱孰能忍之！（《满文老档·太祖》第2册）
努尔哈赤纳代善等议，下令同乌拉兵郊原野战，速决取胜。
乌拉城，城高大，且坚固。布占泰凭城布野，列阵以待建州军进攻。建州军与乌拉军相距百步左右，下马步战，厮杀一片，矢如风发电落，声似狂飚雷鸣。努尔哈赤率先乘骑突阵，挺身而入，诸将、军士坚甲利剑，铁骑驰突。建州军鼓勇纵击，乌拉军拼死力敌。布占泰所率三万之军，力不能御，四散溃败。败散的乌拉兵，十损六七，抛戈弃甲，尸横遍地，血洒原野。建州兵越过伏尔哈城，乘胜进夺乌拉城门。布占泰次子达穆拉率兵守城，拒门坚御。代善之军，最为奋勇。安费扬古率攻城军，一面用云梯登城，一面用准备好的土袋，兵士们迅速地抛向城下，土与城平。攻城军登上城墙，先锋军夺门而入。努尔哈赤登城，坐在西门城楼上，两旁树立旗帜。时布占泰领败兵不满百人，奔城而来。他见城已失陷，遂大惊，急回奔，遭代善领兵阻截。布占泰“见势不能敌，前冲突而走，折兵大半，余皆溃散。布占泰仅以身免，投夜黑国去”（《清太祖武皇帝实录》第2卷）。
乌拉城之役，努尔哈赤统率建州军，“破敌三万，斩杀万人，获甲七千副”（《满文老档·太祖》第2册），攻占乌拉城，灭亡乌拉部。
努尔哈赤灭亡乌拉部后，在乌拉城居住十天，赏赉（lài，赐予）将士，“分配俘虏，编成万户”（《满文老档·太祖》第3卷），带回建州。他在“砍倒”乌拉部这棵大树之后，又马不停蹄地兵指扈伦四部中最后的一部——叶赫部。