学等所从上海迁往南京，但院长蔡元培就是抗命不从，结果不了了之。由此可见其独立性之强。第二，当时的学术界存在一批出类拔萃之辈，他们本身具有良好的学术和道德素养。学术界领袖的人格力量保证了良好的制度得以正常运行。
1949年，新中国成立之后，台湾与大陆隔海相望，中央研究院在大陆已经不复存在，它留下的空白由中国科学院代替。中国科学院的建立是由具有立法会性质的中国政治协商会议确定的，在《共同纲领》草案中，其第四十三条就是“设立科学院为国家最高的科学机关”。1949年9月，在由钱三强等人起草的《建立人民科学院草案》中，曾建议把这个科学院命名为“人民科学院”，以纠正中央研究院“为科学而科学”的偏向，强调“科学为人民服务”。中国人民政治协商会议第一届全体会议在1949年9月27日通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》。根据这项法律，“科学院”成为归属于政务院的政府部门。1949年10月19日，中央人民政府委员会任命郭沫若为中国科学院院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为科学院副院长。从强调“科学为人民服务”，到任命陈伯达为科学院第一副院长，中国科学院从一诞生就带有十分明显的政治色彩。另外，中国科学院的“政府部门”身份，为它的“官学”特色打下了深厚的基础。虽然从1954年起，全国人大决定中国科学院不再是国务院之下的政府部门，但它的具体工作仍旧归国务院领导。
从1954年6月起，中国科学院开始筹建学部，到1955年6月学部正式成立，前后经历了一年的时间。当时中国科学院设立四大学部，分别为数理及化学学部、生物学地学学部、技术科学学部，哲学社会科学学部。建立学部，其主要内容实际就是评定“学部委员”，而后者大致相当于中央研究院的院士。中国科学院第一批学部委员共有233名。
相比较而言，中国科学院第一届学部委员的产生与中央研究院第一届院士的产生有四个明显的不同点。第一，“学部委员”不是经过选举产生的，而是经过内部提名、内部评定、最后报请中共中央批准这么几道程序。因此，这是一个不公开并且由学术界以外的势力起决定作用的评选，实际应该称为“挑选”或“遴选”。第二，学部委员的产生，政治因素占有相当的份量。这不仅体现在哲学社会科学学部，在自然科学领域这个特点也非常明显。当时“学部委员”人选的标准主要有三条，即“在学术上的成就、在推动中国科学事业方面的作用和忠于人民的事业。实际上，当时学部委员的标准只有两条，一条是政治标准，其内容就是拥护社会主义，拥护共产党；第二条是学术标准。根据这个双重标准，尽管第一届学部委员的人数比第一届院士的人数增加了近两倍，但留在大陆的中央研究院18名人文组院士中，有8人没有成为中国科学院的学部委员，这些被淘汰的院士包括出版家和教育家张元济、历史学家顾颉刚、社会学家陈达等人。也就是说，人文组院士被淘汰了三分之一以上。在自然科学领域，中央研究院院士、被毛泽东称为”中国生物学界的老祖宗“的胡先骕，因为反对前苏联李森科的伪生物学而惨遭淘汰。他是238个报请中央批准的院士候选人中被砍掉的五个人之一。学部
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