士的事情，搞得天下尽知，落为笑柄。
胡亥的药，确实灵验。始皇服了之后，病立刻痊愈。
董翳、曲宫的秘密调查拘捕倒也收到了成效，不出半年，就抓获了四百六十左右与侯生卢生案相关的人犯，全部羁押到一个隐秘的处所。侯生、卢生的弟子大都四处逃散，可事前在董翳处大都留有名册，录有原籍、家眷等情，秦律有连坐之刑，一人犯法，五服之内的亲属都可能有所株及，一下子拿了四百多人，还算董翳、曲宫手下留情，只挑拣着些关系最为紧密的人查处。
始皇原本只打算，以这干人为质，逼逃亡的方士归案问罪，然后再将这干人流徒边远地方，但后来发生的事情，让他狠下心来，痛下杀手。
那些方士如惊弓之鸟逃亡在外，大多不知道家中情况，就算知道的，都清楚秦律酷严，归案了不过是向朝廷多献出一颗项上人头，哪敢自投罗网？倒是那些剩在家中的亲眷，见亲人被一伙身份不明之人掳去，不明所以，便向当地的郡县衙门报案，当地郡县衙门查来查去，毫无眉目，便向上奏报。那些人报案之后，见官府查不到真凶，就有人到咸阳上访告状。而逃逸的方士，以咸阳籍的为最多，有人失踪的事情，在咸阳城闹得沸沸扬扬，引发了人们对官府破案不力的诸多议论。最后，丞相府和廷尉府都扛不住了，他们虽略知些侯生、卢生逃逸的情况，暗自忖度着这人丁失踪案甚有蹊跷、内幕颇深，不敢自作主张，便向始皇奏报。
最高兴的莫过于，咸阳城的那帮儒生，自朝廷有焚书之举之后，他们备受抑制，早就暗流涌动，见机会突至，哪会放过？撮合着那些方士家人，大肆抨击朝政。有了上一回的教训，这一回，他们多了个心机，向宫廷中寻找强而有力的后盾，先是找到几个皇兄皇子，进行一番鼓动，可他们原来被始皇一通叱责后，更为小心谨慎，想想当朝之中，说话最为管用的，还数皇长子扶苏，扶苏最大的特点，就是宽爱待人，颇有正义感，如果能取得扶苏支持，事情就好办了。于是，在这些皇兄皇子的穿针引线下，扶苏的立场，与儒生们获得了一致。他向始皇上奏折，要求严厉督促廷尉府及各郡县衙门，缉拿人丁失踪案的真凶。
搞得始皇哭笑不得。他本想缩小影响面，隐秘查处方士逃逸案，可没曾想，竟被弄到贼喊捉贼的尴尬境地。他这个人丁失踪案的真凶，看着那些要求缉拿真凶的奏折，只好装模作样地签署批示，让廷尉府及各郡县衙门大张旗鼓地严查真凶。
紧接着，他紧急秘密召见董翳、曲宫，一番安排部署。他决心抹去人丁失踪案的痕迹，要让它永远掩埋在地下，不为人知。
于是，一个月黑风高的夜晚，这四百六十人被秘密带到咸阳城外一个尤为隐秘的地方，被集体坑杀处决了。这其中就有宋飞羽，以及部份未能逃脱的侯生、卢生弟子。
始皇帝又不动声色地派遣朝臣去重金安抚失踪者的家眷，而对那些非议朝政、怂恿扶苏进谏的儒生也青眼有加，一一录为郎官学士，以为朝廷后备人才。
那些儒生，得了实惠好处，闭上嘴巴，人丁失踪案似乎就烟消云散了。
咸阳城还有许多非侯生卢生门下的方士，这些人原来因为侯生、卢生大受青睐、很是吃香，而被搞成了非主流方士，听说侯生卢生搞
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