想不到仅仅经过了三四个月的安静生活，我又给一件较前更麻烦的工作所纠缠。原因是商务印书馆的总经理兼印刷所所长鲍先生突然逝世，继任人选在印刷所所长一职尚无问题，而对于总经理职务，董事会再三考虑，认为只有我最为适当，经一致通过后，分别推人劝驾。我本来为避麻烦而请辞，如果接受此职，麻烦有加无减，当然力为拒绝。可是经不了商务的元老和当局纷纷吁请，几于逐日到我的研究所或家中相劝。后来我以情不可却，乃提出一项不可能被接受的条件，就是说我虽曾在商务任职八年，但所经验者只限于编译和出版。总经理主持全局，尤形精于管理。必不得已我只好在名义上就职以后，即往欧美研究企业管理，为期至少年半，然后返国负责。此外我还提及商务印书馆向来采取合议制，由总经理、两位协理和三位所长构成。此种制度不适于现代的管理，我如担任此席，似须取消合议制，改为总经理负责制。真想不到，这两条件都获董事会完全接受，于是不得已就职，即日以协理李拔可先生代理。我随即于民国十九年三月左右出国考察，同时也就不得不放弃社会科学研究所的任务。蔡先生夙为商务印书馆好友，也只好答应我辞职，计任职不满半年，遂又结束了我第二次在蔡先生领导下的职务。
我在十九年九、十月间考察完毕，返国即在商务印书馆实行科学管理，越一年颇著成效；不幸于二十一年一月二十八闸北之战，商务印书馆总厂被日本飞机全部炸毁，不得已歇业半年。清理后于同年八月复业，赖科学管理之彻底推行，效率大增，恢复甚速。旋即发表印行大学丛书，以谋学术独立，经组织大学丛书委员会，审查书稿；委员会得蔡先生领衔倡导，全国学术专家无不乐予合作。迄于二十六年，八月全面抗战起，不满五年，而印行之大学丛书多至三四百种。同时期内，我又编印万有文库第二集二千册，其中收入国基本丛书及汉译世界名著，各数百种，自拟定书目以迄校阅，也多赖蔡先生指导协助。