服哭了起来。
父亲在担心碇真嗣是否还可以活下去。
母亲说只要活下去就可获得幸福。
据点的冬月被绑架了，阿亮被认为是主谋。
由于阿亮和美里的特殊关系，情报科找到了美里带走了她。
东月被带到另外一个势力那里，老人们以为石碑形式和他见面。
黑暗中，冬月听到有了喊他老师于是回忆起以前发生的的事情。
当年冬月是一名教授，当时他所在的学校有一个名字叫阿维的学生。
要毕业了冬月询问阿维以后的算是就职还是继续做研究。
阿维说若果有合适的人，自已会考虑但一名家庭主妇。
而后东月受委托保释了一个名字叫阿渡的人。
冬月似乎不是很喜欢他，但是没想到他居然是阿维的男友。
东月觉得阿渡的目的不承担，也许就是为了接近背后的势力。
第二次冲击后，冬月又一次见到阿渡，他告诉冬月自已和阿外户结婚了。
美里面被囚禁起来，冬月响起当年第二冲击是陨落石冲击导致的。
但是真相不是这样，但是他开始调查问起了阿渡这件事情，来到地下看到了新世界。
但是看到茨木的母亲，参观了eva的存在。
之后阿渡邀请冬月加入自已的研究。
茨木回忆起了自已大学的时候和美里在一起的时光。
那个时候美里经常翘课，原来美里在和男朋友校外同居，男朋友就是阿亮。
小时候的碇真嗣被母亲带到基地。冬月说孩子不应该来这里。
母亲说应该让孩子看一看光明的未来。
没想到这是母亲在世的最后一句话
在随后，发生率意外，母亲离开了这个世界。
母亲去世以后，阿渡发起了补完计划。
而一只喜欢阿渡的直子博士似乎找到了机会。
长大以后的赤木，加入了据点成为e计划的参加者。
阿渡将绫波丽带到了禁断。
一只和阿渡有暧昧关系发现凌波和阿外很想。
超级计算机研究成功，赤木告诉母清美里也加入了据点。
而阿亮分到了别的地方俩人分手了。