将使徒击杀。
事后，父亲夸奖了碇真嗣，让他有些吃惊。
他告诉美里，他终于明白了自已为什么要驾驶eva，那就是获得父亲的赞扬和鼓励。
三人开始不借助战斗服直接用很提来进行同步测试。
三个人感觉到和平时测试不同，这个时候零号机出现了暴走。
赤木开始用激光攻击零号机，结果出现了at立场。
原来又一使徒来袭击而这种使徒竟然是细菌形态。
紧接着使徒入侵了据点，他最终目标是引爆据点。
一台主机被污染做出了其他。
使徒开始继续入侵。
赤木紧急下令更改了逻辑模式以15秒为单位，人为降低了超级计算机的运算速度。
想要彻底消灭使徒唯一办法就是同归于尽，随后请求下令销毁超级电脑。
这一提议遭遇到赤木的拒绝，她认为毁灭掉超级计算机就等于毁灭掉据点。
并且决定自已来承担这个责任，她想要利用剩下的唯一电脑来和使徒专选。
随后赤木带着美里来到内部，她告诉美里，据点的计算机是人格一直到，是她母亲开发的系统。
三个系统其实分表代表欧木清作为科学，母亲和女人的三种人格。
超级计算机就是母亲本人，赤木阻止自爆。
她的程序会加速使徒的进化，但一切进化的重点就是毁灭。
而有智商的使徒也会理解这一点进而会选择和超级计算机共生。
此时第二胎计算机被占领距离自爆还有8秒，终于在最后一秒制止了自爆。
使徒的入侵停止了，而超级计算机也回复了正常。
绫波丽和碇真嗣开始了机体互换实验，在初号机的凌波，同步几率和零号机几乎完全相同。
而碇真嗣有些紧张在同步机地狱平时不过可以接受。
赤木提出傀儡系统可以拿出来了。
实验还在进行碇真嗣脑海中却出现了绫波丽的影子。
紧跟着神经脉冲异常，零号失去控制，最终备用电源耗尽停止了行动。
碇真嗣在医院醒来，头顶上是陌生的天湖北。
阿亮来到了京都，在仓库和来人叹气了关于马尔杜克机关的事情。
马尔杜克是搜寻eva的驾驶员来人表示阿亮的工作是暗中调查nerv。
原来阿亮的身份是双重间谍。
美里在酒吧喝多了酒，被加持送回了家。
在路上，美说自已自从失去服气那以后就开始在其他人身上寻找影子。
之前和阿亮在一起也是因为这样，感到很对不起她。
阿亮说他被与欧冠拿到钱。
美练说只有是一个只想要利用男人的女人，不配拥有爱情。
明日香一直喜欢阿亮，看到美里晚归，她感觉无聊想找碇真嗣大法时间。
明日香嘲讽碇真嗣是大小鬼。
第二天就醒来后的美里找到了阿亮。
美里面发现了他的双重间谍蛇粉。
阿亮告诉美里，赤木和父亲也想她尹莽了许多事情。随后带领美里来到地下，发现被顶在十字架上的亚当。
大家开始常规才是，美里发现碇真嗣的错是结果，在三个人中最好，夸奖了他。
明日香有点不爽，此时又一使徒来袭击这次使徒是
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