息杂虑的意思，佛教认为于身为律，于口为经，于意为禅，但达摩所传之禅不同于此，达摩禅的待点在于壁现。就是要以清白无杂的心念去投契佛理。这既不同于印度之禅，也不同于小乘的旧禅，达摩以楞伽经四卷传授弟子。
南北朝时，佛、道盛行。到了北齐、北周，佛寺遍天下，“食之者众；生之者寡”。北周武帝欲革其弊，采用益州成都人卫元嵩“定教先后”的建议，于建德三午公元五百七十四年五月廿七日，下令禁止佛、道二教传流，僧道尼姑被遣返乡，寺庙庵观遂遭废弃，财产散给王公、臣下，少林寺亦不能幸免，寺像被毁，僧众流亡。唐裴漼少林寺碑称“周武帝，建德中，纳元嵩之说，断释、老之教。率土伽蓝，咸从废毁。”
到大象年间公元五百七十九五百八十一年北周静帝复行佛、道二教，僧徒重回到少林。静帝又选一百二十名菩萨僧置于寺。重整寺院，寺院名称改为陟岵寺。
北周的几个皇后笃信佛教，先后出俗为尼者六人，同时掌握政权的杨坚正图谋代周，也不遗余力地提倡佛教，少林寺由此得到恢复。隋唐间，少林寺从统治者手中得到了大量的土地及其它财产，形成寺院庄园。
隋文帝代周，诏令五岳，各建佛寺，广造舍利塔。开皇初午，仍改陟岵寺为少林寺，并诏赐柏谷坞屯田一百顷为寺院庄田，少林寺的殿阁佛塔在此时也得到恢复。
作为一个百顷的寺院大庄园，隋末农民战争遭到农民军的打击。少林寺碑称“大业之末，此寺为山贼所劫，僧徒拒贼，遂纵火焚塔院，院中众宇，倏焉同灭。”
隋末唐初，少林十三和尚因助唐有功，受到唐太宗的赏赐，除了封爵，并赐田四十顷。嵩岳近在京畿，位在嵩岳的少林寺便成皇帝游幸之所，高宗、武后不断到少林寺游幸，每次都有封赐。武则天为其代唐为周的需要，提倡佛教，高抬僧尼。
所以少林寺在从武德，贞观到垂拱、开元年间，大规模恢复和修建，到开元十一年少林寺殿宇已华丽壮观“妙楼香阁，俯映为林，金刹宝铃，上摇清汉。”以后少林寺在李唐诸帝的支持下，继续兴盛，即是唐武宗毁佛，禅宗一派仍很发达，少林为禅宗祖庭，所以“海内灵岳，莫如嵩少”。
直至宋、元未有衰落，宋代理学兴起，儒佛合流，互为影响。唐、宋年间，少林寺拥有土地一万四千余亩，寺基五百四十亩，楼台殿阁凡伍仟零四十八间，僧徒达两千乡人。清雍熙年间所藏佛经凡九千五百余卷。
元代崇佛，对少林僧十分尊崇，据元代裕公和尚碑，元世祖命福裕和尚主少林，并统领嵩岳一带所有寺院，皇庄元年一三一二年封赠他为大司空开府仪同三司，追封为晋国公，福裕主持少林，“兴仆起废，训徒说法，施者如丘山，来者如归市。”当时少林寺颇为兴盛，创建钟楼、鼓楼，增修廊庑库厨，金碧辉煌，殿宇一新。中外僧徒云集，演武礼佛，众常两千”。
元末红巾军曾至少林，寺僧逃散，寺院空虚，无人看管，殿宇佛像悉遭破坏。明建立后，少林寺的殿宇楼阁屡经修葺，并有所增建，宣德间，寺僧八百余，寺院整饰，花水满院，正德三年，又翻修禅堂，在月空禅师主持少林期间门人以千计。
在嘉靖三十二、三十三年因寺僧抗倭和镇压农民军有功，明朝皇帝又大规模地修整寺院，按旧制重修初祖庵大殿。少林寺“大开法席，四方学徒，众盈五百”。万历间又增修毗卢阁。
万历十年公元一五八二年皇太后又特赐少林寺精工刻印佛经六百三十七函。明朝的王子先后有八人到少林寺出家，少林寻成为“域内巨刹，缁衲之伦，聚众者以千数”，并享有明朝官府赐予的免除粮差等特权。
明末少林寺僧因参与镇压农民军活动，遭到农民军的打击。此后四十余年间，久经劫火，异常冷落萧条。待清朝统治者平三藩、台湾后，广建寺院，少林寺也在这时开始重建，从康熙到道光末的近二百年间，少林寺不断得到修整。
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