征集船只，却因国民党海空军巡逻轰炸，而无法实现。入夜后才弄到一艘小轮船和几条木船调到澳头、大噔岛，只够装运囬个连的兵力。叶飞派第二四六团团长孙玉秀率领四个连增援金门，并由孙玉秀担负统一指挥全部金门登陆部趴的任务。尽管孙玉秀率部冒险起渡，利用夜色掩护，躲过了敌海空军的捜寻，顺利登陆，无奈以那么少的兵力增援，已于事无补。
第一梯队三个主力团，在已经既无退路又无后援的情形下，只持步兵轻武器同具有防御阵地及重型武器，还有坦克、飞机与军舰助战而兵力高于五倍的敌军进行沬死搏斗……据后来军事研究家云。登陆点选择不妥是金门失利的一个不幸开端。加之初次海战，缺乏两栖登陆作战经验，又对海岛地形生疏，是造成金门失利的主要原因，部队在大金门西半岛北岸登陆，虽地势平坦，便于夜袭抢滩，亦利于敌军装甲部队运动。而这一带本来就是守金门的坦克部队训练场地，故敌坦克群在此作战更是驾轻就熟。天亮后未等登陆部队巩固滩头阵地，便使整个目标暴露在敌坦克阵和大量援军的联合反击之下。登陆部队没有反坦克武器，只好组织煬破手用戈束手榴弹炸坦克，因地形平坦，一批又一批孀破手未能接近坦克就倒下了，而敌坦克更加肆虐地摆出蛇形阵进行碾压，许多士兵被射杀或碾死。当时又赶上敌换防部队未走，而奉命增援的五个师又全部投入了战斗。经两昼夜浴血激战，终因寡不敌众弹尽粮绝而失败，成为解放军战史上空前悲壮而惨痛的一页——
第二因六团团长孙玉秀在沙头附近被包围，当身边的一些伤员战斗到最后牺牲时，他把最后一颗子弹留给了自己。
第二四四团团长邢永生身受重伤，在东山沟被包围，被俘后壮烈牺牲……
第二五一团。长刘天祥战死，政委田志春率几十人分股突围，上山打游击，与敌周旋几日后因弹尽粮绝被俘。
第二五二团政委陈立华在打游击中牺牲，团长徐博在太武山的山洞里藏了一个多月，形同野人。敌派兵反复捜山，才将他捕捉华东野战军兵败金门，全军震动！
这是中共三年解放战争以来损失最惨重的一次战役。投入作战的三个主力团和一个加强营近万人的部队，竟成建制欖没。据《中国人民解放军战史》（军事科学院军事历史研究部编著）核定，金门之战，解放军损失九千零八十六人，其中包括船工民夫三百五十人。这在解放军故史上也是极其罕见的。长征中的湘江之战、红军西路军失败及抗战中的皖南事变，尽管损失的总人数不小，都还没有全部覆没。
兵败金门，使中共最高统帅部的领袖和统帅们，对渡海作战的特殊性和复杂性加以严肃认真的思考与研究；在现代战争条件下，没有制海权和制空权，仅仅靠木钒船檄跨海峡解放台湾，势必会吃比金门失利更大的苦头。
当时，中共拟定渡海攻岛作战有西个目标：三万六千平方公里的台湾岛。三万二干平方公里的海南岛一干二百平方公里的舟山詳岛。—百四十平方公里的大小金门岛。
就在金门失利一个星期后（十一月五日），三野第七兵团攻占舟山群岛的登布岛也因受挫而撤回，只是没有攻占金门岛的损失大（解放军伤亡、失踪一千四百余人，台湾方面公布的国民党守军伤亡
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