李熙，转达清廷意旨，并命令袁世凯把驻守王宫的军队悉数调回本营。
调查结果是，袁世凯未经朝庭允准，擅自出兵，挑起中日争端，负有不可推卸的责任。
袁世凯不服，上书痛切陈言。
一个抗倭英雄变成甲申事件的罪魁祸首，袁世凯悲愤的心情可想而知。
看到朝鲜的局势任人宰割，他非常痛心，他认为朝鲜终必有大乱，韩王软弱无能，建议朝廷选派一个监国来朝鲜执政，但此疏被李鸿章搁置下来。
这个时候，嗣母牛氏生病，袁世凯请假回国，李鸿章接到吴大澂和续昌、吴兆有的弹劾，也想当面质询袁世凯，所以便批准了。
于是，袁世凯和查案的吴、续两大臣一同返国。
因时间紧促，又是觐朝陈事，也考虑到长途跋涉，大海巅簸之累，袁世凯暂不带金氏回家省亲，只是闵妃以王妃的名义，饯酒送上一程。
回国路上，袁世凯慷慨陈词，向吴大澂、续昌两个特使述说了甲申政变的幕后真相及出兵平乱的重要性。
吴大澂听后叹道:“慰亭忠勇，余等深知，然弱国无外交，为顾大局，惟有君之代罪，方能平息事端。"
“袁某两次平乱，身先士卒，皆抱有必死之念，忠心事君，恤怀报国，若得藩属永固，袁某固然一死，亦慰平生。"
袁世凯言词铿锵，壮怀激烈，吴大澂闻之肃然起敬，抚慰道:
“闵妃也淳告于余等，谓慰亭若死，朝鲜乱矣，是故此次平乱，患得患失，余等当尽力为慰亭开脱，方能心安。"
袁世凯此时方知闵妃在背后为自己的事游说于两使之间，甚至出言要挟清庭，此等义举，不禁教他大为感动。曾经对闵妃的一些偏见，倾刻间在大海浪涛吞没下荡然不存。
袁世凯手扶舷栏，望着两只海鸥相互追逐，嬉戏于波峰浪谷之间，郁闷的心情随之诠释，豁然开朗起来。
军舰泊岸后，吴大澂和袁世凯作别时，写了一幅对联赠与袁世凯:
“凡秀才，当以天下为任；
求忠臣，必于孝子之门。”
对联中吴大澂又题写道:
“慰庭仁弟念母情切，乞假归省，朝鲜士民方攀留之，不暇。余不忍重违其意，偕之内渡。然时事多艰，需才正亟，尤愿慰庭以远大自期，移孝作忠，共图干济，因撰是联赠之。”
此联及题跋中可以看出，吴大澂对袁世凯极尽了赞赏之词。正因为这一联的效应，后袁世凯长子袁克定娶了吴大澂的女儿吴本娴，因而两人成为亲家。
回国后，袁世凯直赴天津，谒见李鸿章，把甲申政变的始末详细地说了一遍，又把吴兆有对他“妄启衅端、挪用军款"的弹劾进行了申辩，说那六百两黄金是用来收买朝鲜左右营使，他俩才同意出兵相助的，鉴于当时军情紧急，他只好采取了“先斩后奏"的应急措施。
也许是李鸿章对朝鲜的特殊情况有了深入的了解，他不仅不责备袁世凯，反而认定袁世凯是维护朝鲜地区安定的最佳人选，为示嘉勉与抚慰，他给袁世凯的评价是:血性忠诚、才识英敏、力持大局、独为其难。"
并奏请清廷正式任命袁世凯为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜”的全权代表，并以知府分发，尽先即补，俟补缺后以道员升用，加三品衔。
诸如在朝鲜设立“监国一职"的事，暂缓另议。
见事已搁浅，执拗无益，袁世凯向李鸿章请了两个月假，回河南项城袁府省亲了。
几年别离，昔日落魄于外，如今荣耀还乡，袁底上下，喜气洋洋，摆宴庆贺，享受天伦之乐，自不必说。