事实上，曹榕和季桂芬并没有谎报军情，这个时候抗德的民众组织已经串通了义和团。4月12日，高密县城胡家胡同的秀才、义和团首领李惠芝带着少数义和团成员赶来了，和孙文组织的数千民众在柳沟河岸设防，准备围攻县城，与清军决战。
两军对峙，高密知县季桂芬还是抱着侥幸心理，上前拭图劝退农民军，然而，这次农民军不同以往那样怯战，顿时枪炮齐鸣，清军猝不及防，被迫退去，季桂芬因马受惊狂奔，不慎摔伤。
孙文等人初获小胜，沾沾自喜，但他们哪里知道?对手是国内最精锐的部队。4月20日，数门德产的克虏伯大炮摆开填元，对准农民军队伍轰击，炮炮命中，地动山摇。随着，马队、步队掩杀过来，马刀闪闪，子弹呼啸。农民军本是乌合之众，从未见过这样令人丧胆的阵势，惊得只恨爹娘少生了两条腿，四处鼠窜而逃。
这场战斗，农民军死伤1000余人，损失极为惨重，被迫突围。
袁世凯武力镇压的同时，又进行利诱，遍贴告示，软硬兼施。
高密知县季桂芬发给村长每人每月京钱十千,利诱了不少村长，又用英尺丈量德方要占用的土地，免赋时以中国的市尺丈量数为准。英尺与中尺相比，每百亩仅多16亩，但这点蝇头小利，竟换来了意想不到的效果。村民们纷纷表示悔过，发誓不再追随孙文。
袁世凯不计前嫌，知人善用，胡景桂果然是一个能吏，他到高密后，查明民众**，皆由德国人肇事而引发，因而他一边压制民众，一边和德国山东铁路公司交涉，据理力争，德国人也怕事态扩大，为己不利。最后双方达成协议:
铁路路线，向北稍移；兴办工程，须先发地价，方能动工；凡是迁移坟墓，须先给迁移费；应雇小工，必先用当地乡民；濠里修铁路，多修涵洞，多架桥梁，以利大水宣泄。
同时，胡景桂请求袁世凯拨白银5000两，大修排灌工程，疏通界河、五龙河，挑筑杨家河、高阳河，加固于家庄堤防，消除水灾隐患。
因村民提出的各项问题逐步得到解决，4月底，濠里各村首事相继到县里具结，不再衍生事端。
孙文等首领在柳沟河岸战斗中突围后，一直被清军通缉追捕，侦探局赵秉均当典吏多年，是个缉捕能手。他顺着蜘丝马迹，抓到了孙文的门徒常传玺。常传玺受刑不过，供出了孙文的藏匿地点。1900年5月3日凌晨，孙文、李玉树、常传钦等头领同时被清军逮捕。
7月2日，3000余名濠里民众在首领雷步云的带领下，准备围攻县城，劫出孙文。
胡景桂获报，十分恐慌，将精锐部队武卫右军先锋队从范家、邱辛庄调往柳沟河进行弹压。
雷步云设计将清军诱入埋伏圈欲歼之，因武器低劣、缺乏军事训练，反而遭到武卫右军的反击，截为两段。驻康家庄的清兵闻讯赶来驰援，里外夹攻，农民军死伤累累，雷步云当场牺牲。
胡景桂见民气汹涌，势不可遏，害怕夜长梦多，当天就斩了孙文，曝尸悬首示众。
高密县老举人、曾任清政府同知的单昭谨前往抚尸痛哭，用自己的棺木收殓孙文，并作了祭文。
孙文死后，清军一边继续镇压孙文余部，一边奉朝廷旨意围剿义和团。
1900年10月6日，德国驻华公使穆默、八国联军总司令兼德军最高
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